在还没有实用的免疫预防方法时，预防水肿病的发生主要在于加强管理。首先要搞好清洁卫生和消毒工作，尽量降低大肠杆菌传入猪群内。在已有菌株存在的猪群要增强仔猪抵抗力，降低病原性大肠杆菌在肠道内的感染达到致病水平。
预防本病应从改善饲养管理入手，采取综合性防制措施：①采取早期补食，断奶过渡到以食为主，增强胃肠道功能和适应能力，促进肠道发达，排空能力增强。②断奶后1～3周内保持低蛋白水平（控制在15%），采取少吃多餐，定时定量，吃饱不吃足，并补给鲜嫩青饲料，增加必要的纤维素，提高肠道的活动能力，加快残食在肠道的通过时间。③添加必要的矿物质及复合微量元素等物质，增强胃液的形成和胃蛋白酶的活性。④补充硒与维生素E，母猪产前15天，注射亚硒酸钠或维生素E5毫升，仔猪产后15～20日龄每头注射0.5毫升。⑤补充维生素A，除每天给予适量新鲜青饲料外，可选用苍术，每头每天5～10克。⑥发生水肿病后，应采取有效措施，以稳定猪群病情为主。
①采取早期补食，断奶过渡到以食为主，增强胃肠道功能和适应能力，促进肠道发达，排空能力增强。②断奶后1～3周内保持低蛋白水平（控制在15%），采取少吃多餐，定时定量，吃饱不吃足，并补给鲜嫩青饲料，增加必要的纤维素，提高肠道的活动能力，加快残食在肠道的通过时间。③添加必要的矿物质及复合微量元素等物质，增强胃液的形成和胃蛋白酶的活性。④补充硒与维生素E，母猪产前15天，注射亚硒酸钠或维生素E5毫升，仔猪产后15～20日龄每头注射0.5毫升。⑤补充维生素A，除每天给予适量新鲜青饲料外，可选用苍术，每头每天5～10克。⑥发生水肿病后，应采取有效措施，以稳定猪群病情为主。首先，应停止吃食，排空胃肠内容物，在空腹有强烈饥饿感条件下，喂以加糖的稀糊粥及少量鲜嫩的青饲料，大蒜、葱、韭菜等，由少到多。注意给病猪饮水，防止便秘；病猪心跳加快，捕捉时应轻放，不能倒提。
预防方法是：在仔猪易发水肿病的这段时间内（如仔猪断奶后15天内）进行保健预防。采用护仔康1号进行保健预防，即在饲料中添加2%护仔康1号，使用15天，能有效减少大肠杆菌导致的腹泻及水肿病。
应加强仔猪断奶前后的饲养管理，防止饲料单一化，补充富含无机盐类和维生素的饲料，断奶时不要突然改变饲养条件。在哺乳母猪饲料中添加硒和维生素E，能显著降低仔猪发病率。
加强断奶前后仔猪的饲养管理，提早补料，训练采食，使断奶后能适应独立生活；断奶不要太突然，不要突然改变饲料和饲养方法；饲料喂量逐渐增加，防止饲料单一或过于浓厚，增加维生素丰富的饲料。
仔猪水肿病也是大肠杆菌病的一种，1.提高母源抗体水平；2.药物预防，抗菌增效剂；3.自制针对本场的疫苗防疫；4.药物治疗；5.场地卫生，清洁饮水。