主要典型病变在气管和喉部组织，病初粘膜充血、肿胀，高度潮红，有粘液，进而粘膜发生变性、出血和坏死，气管中有含血粘液或血凝块，气管管腔变窄，病程2～3天后有黄白色纤维素性干酪样假膜。
肾病变型传染性支气管炎病程一般比呼吸器官型稍长（12～20天），死亡率也高（20～30%）。可在病鸡的鼻、头、气管、支气管、肺、气囊、眼结膜及眼窝下的粘膜上见有病变。大多数死亡鸡的可见气管出血，眼睑周围轻度肿胀，结膜充血及出血。典型的病变多见于中锥以上的病鸡，日龄幼小的鸡不发生出血性病变，而是多数呈现油膏样、干酪样渗出物的增量。
病鸡失水，表现虚弱嗜睡，鸡冠褪色或呈紫兰色。本病主要病变在呼吸道。