常用的抗生素有青霉素、泰乐菌素、利高霉素、卡那霉素、庆大霉素等。由于魏氏梭菌抗药性很强，所以要迅速治愈，减少死亡和经济损失。最佳的做法应是首先采取综合防制措施，并按常规用药治疗，同时迅速采病料作细菌培养，做药敏试验，在此基础上选用高敏药物进行治疗，只有这样，才能收到满意效果。由于鸡坏死性肠炎易与鸡球虫病合并感染，故一般在治疗过程中可适当加入一些抗球虫药。
