鸡腿菇栽培过程中常出现一些异常问题，应针对其发生原因积极采取措施预防和补救。
头茬菇太密，转潮困难表现为头潮菇多、个体小，甚至成丛的菇蕾将覆土掀起，造成大批小菇因脱离料面死亡，难出二潮菇。防治对策：脱袋栽培时菌棒之间留3～5厘米的间隙，并用土将缝隙填实，或者将菌棒切成两段或横放出菇。
不在床面出菇床面出菇少而四周土埂出菇多。防治对策：覆土厚度不超过3厘米，含水量控制在20%～30%。
菌丝"冒土"菌丝徒长，冒出床面，甚至形成菌被。防治对策：在菌丝快长至床面时加强通风，使床土表面干燥。轻微冒菌丝可撒草木灰处理；如形成菌被，需用刀划掉菌块并补水补土。
大量发生"红头"菇菌盖鳞片呈铁锈色，但不深入菌肉。防治对策：子实体出土后喷水必须结合通风，保持菇体表面无水及适宜的光照强度。