鲫鱼孢子虫以孢囊的形式寄生于鲫鱼鳞片、鳃、皮肤及鳍条上，病鱼体色发黑，呼吸困难，鱼体瘦弱，吃食能力差，离群独游，反应迟钝，最终濒临死亡。
孢子虫寄生于鲫鱼鳃上时，打开鳃盖肉眼可见鳃上有大小不一的乳白色点状孢囊。当孢子虫寄生于鲫鱼体表时，肉眼可见有点状、凸起的孢囊，近球形或椭圆形，用手轻轻一挤有乳白色液体流出。孢子虫遇到外界刺激时会形成孢囊，孢囊肉眼可见，一旦形成孢囊，药物就难以渗透造成杀虫困难。
鲫鱼感染孢子虫主要有三大来源：一是养殖户在进鲫鱼苗种时，苗种本身就已经带有孢子虫；二是往年有发生过孢子虫的池塘，养殖户清池不彻底或没有清塘的，底泥中残留有孢子虫；三是养殖过程中使用未经高温发酵处理的有机粪肥中带来的孢子虫。