危害对虾养殖的主要流行病是白斑秆状病毒（WSBV）。另外还有斑节对虾秆状病毒病（MBV）、对虾中肠腺细小病毒（HPV）、黄头杆状病毒（YBV）及支原体、衣原体、细菌等引起的疾病。这些病一旦发生是难以治疗的。因此，防治结合，防重于治应是长期的战略方针。
其主要的措施有以下几个方面：
一、选择健康无病毒虾苗。通过肉眼观察虾苗活力状况及利用PCR或核酸控针进行病毒检测。
二、封闭式养殖管理。放苗前对养成池及养殖用水进行彻底消毒。养殖期间不投喂带有病毒的鲜活饵料，不抽带有病毒的海水，而以淡水作补充水，各池操作工具分开，防止互相传染。
三、优化养殖条件，提高对虾抗病力。为对虾创造一个优良的生长环境，提供优质饵料，减少刺激因子。实践证明水质好的池塘即使感染病毒仍可不发病而继续生长。
四、探索新途径，提倡生态防病。利用生物群落之间相互作用保持虾池生态系的平衡，如鱼虾混养、虾贝混养、虾池投放江篱等方法都有一定效果。