草鱼水霉病在疾病早期进行及早治疗才有一定疗效。应用食盐和小苏打（碳酸氢钠）合剂（1∶1）全池泼洒，使池水药物浓度为400克/米3有一定效果。
在放苗之前应该先对鱼塘进行消毒，在养鱼的时候注意水质问题，进行科学的养鱼，平常多观察就不容易使得鱼生病。
鱼类入池操作过程中要尽量仔细，勿使鱼体受伤。入池前用3%~5%的食盐水溶液浸泡鱼种8~10分钟。避免在水温15℃以下的条件下处理养殖鱼类，以免鱼体冻伤或擦伤。若发现鱼类已感染水霉病，可以全池泼洒小苏打与二溴海因合剂，但要注意病鱼的体质和水质变化，以防发生生产事故。