养蟹稻田水层较深，在１０～３０厘米，田间通风透光性能差，相对湿度大，更利于水稻纹枯病发生，病害易流行。养蟹稻田防治纹枯病，应以农业措施预防为主，慎用化学农药，以免对蟹产生毒害。
减少菌源春季灌水后，结合整地打捞菌核，并带出田外深埋或铺晒烧毁，拔除田间及田边杂草。利用稻草做肥料时，应充分腐熟后再施入稻田。
选用抗病、抗倒品种养蟹稻田水层较深，稻株易徒长倒伏，使田间湿度增大，更有利于纹枯病发生。应选用抗倒、抗病水稻品种。
加强肥水管理春季整地时，在稻田四周挖深３０厘米、宽５０厘米的蟹沟，以便排水晒田时供河蟹栖息。施肥以基肥为主，多施有机肥。水稻施追肥时间应尽量提早，６月１０日前施肥结束，两次施肥间隔期要短，以免影响河蟹生长。施追肥时蟹苗应寄养在网箱或土池中，到６月中旬稻田换水后再放出蟹苗。
化学防治水稻分蘖末期穴发病率达５％以上及拔节至孕穗期穴发病率达１５％～２５％的养蟹稻田，在水稻分蘖末期至齐穗期，每亩用５％井冈霉素１５０毫升加水１００公斤喷雾，１０天后再用药一次，防治效果可达９０％以上，而且对河蟹生长无不良影响。