(1)选用优质苗种。苗种要求体质健壮，规格均匀，无病无伤，做到科学投饵，以提高草鱼种自身的抗病能力。
(2)疫苗浸泡。通过疫苗浸泡是预防草鱼种疾病的有效方法之一。夏花鱼种在用塑料袋运输前，先将疫苗放入塑料袋内，然后放入鱼种，数小时后即可完成浸泡过程，再将鱼苗投放到培育池中培育。
(3)加强消毒。定期对食场、工具进行消毒，至少每周1次，以消除病菌滋生机会。对池塘水体每月用二氧化氯等消毒剂泼洒1次，预防有害菌的滋生与繁衍，为草鱼种生长营造良好的生态环境。
(4)重视杀虫。7月初，可对水体施用1次杀虫剂，一般可采用对鱼种刺激性较小的药物，防止寄生虫类积累增多，对鱼体造成感染;8月底9月初对池塘水体再进行1次杀虫，减少秋季寄生虫对鱼种造成的感染危害。
(5)对症用药。草鱼鱼种阶段，烂鳃病、肠炎病、赤皮病等易发，可以采用外泼大黄浸出液、二氧化氯等药物进行消毒杀菌;内服鱼康复A型药饵方式进行治疗，一般5～7天即可治愈;发生寄生虫病害时，宜先杀虫再杀菌，防止鱼种因寄生虫危害而引发细菌感染，避免鱼种产生继发性病害。尽量使用生物鱼药和生物制品防病治病，提倡使用中草药。
(6)定时巡塘鱼种培育池一定要坚持早、中、晚三次巡塘，定期捞除池中残饵杂物，发现问题及时处理，遇有异常天气，还要适当增加巡塘次数。对苗种放养、投饵、注水，用药等情况，做好详细记录。一般经过5～6个月养殖，可亩产鱼种750～800千克，其中规格为350～450克的草鱼种达500～600千克。