水霉寄生初期肉眼看不到症状，当肉眼可见时，营养菌丝已深入肌肤。外菌丝向外生长呈棉絮状物附着在鱼体上，内菌丝向内深入肌肉。由于水霉菌代谢产物能分解鱼组织，随着水霉的生长，病鱼患处腐烂加剧，使其行动迟缓，食欲减退，极度消瘦，最后瘦弱而死。
在发生此病时会导致细菌性疾病的继发性感染，如随后出现出血病、烂鳃病等症状。病鱼体表部位长出灰白色棉花状菌丝体，菌丝逐步扩散后，皮肤粘液增多，食欲减少。病鱼感染水霉菌后，其体表出现灰白色的团状菌丝，形如棉絮状，鱼游动失常，最后消瘦死亡。
