淡水鱼类寄生虫病一般可分为两大类，一是单细胞原生动物寄生虫；二是多细胞后生大型寄生虫。
单细胞原生动物寄生虫病包括隐鞭虫病、粘孢子虫病、斜管虫病、小瓜虫病和车轮虫病。隐鞭虫主要破坏鳃小片上皮，导致黏液增多，严重时呼吸困难，体色暗黑，体形消瘦，主要流行于5~10月。粘孢子虫病中的碘泡虫病形成的胞囊，大的肉眼可见，能引起鱼体极度消瘦，尾上翘，肝、脾萎缩，主要流行于5~7月。斜管虫病刺激鱼体分泌大量黏液，破坏组织，影响呼吸，主要危害鱼苗和鱼种，流行于初冬和春季。小瓜虫病又称“白点病”，鱼体覆盖1层白色薄膜，行动迟钝，主要流行于初冬和春末。车轮虫病被称为“白头白嘴病”，鱼体分泌大量黏液，呼吸困难，主要流行于4~7月。
多细胞后生大型寄生虫病包括指环虫病、双穴吸虫病、九江头槽绦虫病、中华鱼蚤病和鱼怪病。指环虫病主要寄生于鳃部，导致黏液增多，呼吸困难，主要流行于春末夏初。双穴吸虫病病鱼在水面作跳跃式游泳、挣扎，头部充血，主要流行于5~8月。九江头槽绦虫病导致鱼体重减轻，体表黑色素增加，主要流行于冬末春初，对越冬草鱼种危害最大。中华鱼蚤病影响鱼的正常呼吸，引起鱼焦燥不安，主要流行于5~9月，危害2龄以上的草鱼。鱼怪病严重影响鱼的性腺发育，1只鱼怪幼虫能使鱼苗失去平衡，主要见于湖泊和水库。