一、干塘清塘，加固塘基
冬季捕鱼后，将塘水排干，挖去一层污泥，然后让阳光曝晒，可达到清除虫害的目的。若因养殖过冬鱼虾，未能做到冬季捕完鱼后干塘，可用排污机将塘底污泥抽提一部分，或用竹篓将污泥捞取，用小艇运到岸上，作植物基肥，一举两得。同时，还应清除塘堤埂坡上的杂草，以减少昆虫等产卵的场所；加固塘基，预防渗漏。
二、药剂清塘
1.生石灰清塘在鱼虾池修整后，选择晴天进行生石灰清塘，每亩用生石灰50～100公斤，将生石灰粉均匀干撒到塘底或池底及塘基上，再注入4～6厘米清水，次日用长柄耙将池底淤泥和石灰浆调匀，发挥生石灰的杀毒作用。
有些鱼虾池塘，若清塘清池前无法排水，或原池水排出后又无法补入新水，可以进行带水清塘。每亩水面（1米水深）可用120～150公斤生石灰，装入小艇，加水后变成石灰浆，趁热全塘泼撒。
2.漂白粉、强氯精、鱼用强力消毒剂清塘漂白粉、强氯精、鱼用强力消毒剂等均为含氯消毒剂，具有高效、快速、杀菌力强等特点。但漂白粉欠稳定，现生产上趋向于用较稳定的强氯精和鱼用强力消毒剂。
漂白粉一般每亩平均水深1米用量为13.5～20.0公斤，将其溶化后全池均匀泼洒。
强氯精和鱼用强力消毒剂，带水清塘一般每亩（1米水深）施用1～2公斤，溶水后全池泼洒。
用以上方法进行清塘消毒后7天，将池塘水放至所要求的水位，然后按每亩水面（1米水深）用晶体敌百虫500克，溶于水后全池泼洒，以杀灭水中的寄生虫；3天后，用二氧化氯消毒水体，一般每亩（1米水深）用甲、乙各1瓶（500毫升），按使用说明配好后全池泼洒，2～3天后，等水色转为嫩绿时可放养鱼苗、虾苗。