冬季捕鱼后，应将塘水排干，挖去一层污泥并曝晒，以清除虫害。若因养殖过冬鱼虾未能干塘，可用排污机或竹篓将污泥部分抽提或捞取，作为植物基肥。同时，清除塘堤埂坡上的杂草，加固塘基以防渗漏。
在鱼虾池修整后，选择晴天进行生石灰清塘，每亩用50～100公斤生石灰粉均匀撒布，再注入4～6厘米清水，次日调匀淤泥和石灰浆。对于无法排水的池塘，可进行带水清塘，每亩水面（1米水深）用120～150公斤生石灰，加水后全塘泼撒。
此外，可使用漂白粉、强氯精或鱼用强力消毒剂进行清塘，这些含氯消毒剂杀菌力强。漂白粉每亩水深1米用量13.5～20.0公斤，强氯精和鱼用强力消毒剂每亩1米水深施用1～2公斤，均需溶水后全池泼洒。
清塘消毒7天后，将池塘水放至要求水位，每亩水面（1米水深）用500克晶体敌百虫杀灭水中的寄生虫；3天后，用二氧化氯消毒水体，每亩用甲、乙各1瓶（500毫升）配好后全池泼洒，水色转嫩绿后可放养鱼苗、虾苗。