鸡球虫病是由寄生虫引起的疾病，多数感染后呈慢性发病，症状为贫血、消瘦、腹泻等。而大肠杆菌病则是由大肠杆菌引起的细菌感染，呈急性或亚急性发病，症状为高热、呼吸急促、腹泻等。
剖检时可以观察病鸡肠壁厚度和颜色的改变。鸡球虫病的肠壁会变薄，颜色变淡，且有明显的蠕动感，而大肠杆菌病的肠壁则会变厚，颜色变暗，有时会出现黏液、渗血等情况。
细菌和寄生虫的检测也是剖检鉴别的关键。可以进行各种实验室检测方法，如细菌培养、血清学检测、PCR检测等。
