牛冠状病毒感染主要影响牛的呼吸道系统。感染初期，病毒通过鼻腔和咽喉黏膜侵入呼吸道上皮细胞，引起病毒复制和炎症反应。病毒复制导致上皮细胞受损，病理变化表现为上皮细胞脱落、上皮细胞核融合、上皮细胞肿胀等。同时，细胞间隙出现炎症细胞浸润和炎性渗出，导致呼吸道黏膜水肿和病变。
牛冠状病毒感染还会对牛的肠道系统产生影响。病毒在消化道黏膜上皮细胞中复制，导致上皮细胞的损伤和炎症反应。病毒复制过程中，消化道上皮细胞脱落，细胞减少，黏膜形态改变。炎症反应导致消化道黏膜水肿、出血和溃疡形成，进一步影响牛的消化和吸收功能。
此外，牛冠状病毒感染还会导致牛的淋巴系统和免疫系统受到影响。淋巴组织如肺、肠道等受到病毒感染，引起淋巴组织增生和淋巴细胞活化。免疫系统受到刺激，产生炎症细胞，参与对病毒的清除和抵御。
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