猪传染性胃肠炎的病理变化主要分为四个阶段：吸收期、病理性期、修复期和恢复期。
在吸收期，PEDV感染猪的肠道后，病毒主要在小肠的上皮细胞内复制，导致上皮细胞脱落。这一阶段的主要病理变化是小肠黏膜的不规则破损，细胞坏死和上皮细胞脱落，从而破坏了肠道的吸收功能，导致脱水和电解质紊乱。
进入病理性期后，猪传染性胃肠炎的病理变化更加明显。此时，小肠黏膜上皮细胞和肽细胞严重受损，肠道腔内充满了炎症细胞和纤维蛋白。病变严重者可见到小肠壁变薄、水肿、出血和坏死。这一阶段的主要病理特征是肠道腔内有大量的液体，呈黄色或灰白色稀溏状，同时伴有气体积聚和肠黏膜的细胞变性。
修复期是猪传染性胃肠炎的恢复过程，病变逐渐减轻。在这一阶段，小肠黏膜上皮细胞开始恢复增殖，肠道腔内的炎症反应减轻，肠壁逐渐增厚。然而，修复过程可能不完全，留下了一些病理性改变。
恢复期是猪传染性胃肠炎的最后阶段，病变已经基本恢复。在这一阶段，小肠黏膜上皮细胞恢复正常，肠壁恢复健康。但是，病变过程中引起的免疫功能损伤可能会导致猪对其他病原体的感染易感性增加。