肉鸡矮小综合征的主要临床表现之一是生长缓慢。受到遗传因素的影响，患有肉鸡矮小综合征的肉鸡在生长过程中呈现出明显的生长迟缓状况。与正常肉鸡相比，患有肉鸡矮小综合征的肉鸡在相同的饲养条件下，体重增长速度较慢，肉质也较差。
肉鸡矮小综合征的另一个临床表现是体型矮小。正常的肉鸡在饲养过程中会迅速长大，然而患有肉鸡矮小综合征的肉鸡在生长过程中无法达到正常的体型，体形较小。
此外，肉鸡矮小综合征还会导致免疫功能低下。机体对细菌、病毒等致病微生物的抵抗能力弱化，使得患病肉鸡更容易受到感染和疾病的侵袭，导致死亡率增加。