肉鸡腹水综合症的发病原因相对复杂，可能由多个因素共同作用导致。首先，肉鸡腹水综合症与病原微生物感染密切相关。细菌感染、病毒感染和真菌感染等都可能引发腹水的形成。细菌感染包括大肠杆菌、沙门氏菌、鸡病毒性关节炎病毒等，它们可通过鸡的呼吸道、消化道等途径侵入机体，导致肠道炎症和腹腔炎症，最终引起腹水形成。病毒感染主要包括新城疫病毒、法氏囊病毒等，它们可直接感染肠道和肝脏，导致炎症反应，进而引发腹水的形成。真菌感染如曲霉菌、白色念珠菌等也可以导致肉鸡腹水综合症发生。
环境因素也是引起肉鸡腹水综合症的重要原因之一。高湿度、高温度等恶劣的饲养环境易造成肉鸡免疫力下降，增加了感染病原微生物的风险。此外，鸡舍的通风不良、卫生条件差、饲料水源受到污染等也会增加腹水的发生率。
营养和管理不当也是导致肉鸡腹水综合症的原因之一。饲料中缺乏必需的营养物质，如维生素、矿物质等，会降低鸡的免疫力，增加其患病风险。此外，过度饲喂、不合理的饲养密度，以及使用过期、变质的饲料等也会导致肉鸡腹水综合症的发生。
