猪传染性腹泻病毒是一种高变异性的病毒，它能够迅速适应环境变化并产生新的变异株。这种高变异性使得疫苗的研制变得困难，因为疫苗需要与目标病毒高度匹配才能发挥有效的保护作用。然而，病毒的不断变异使得疫苗的免疫效果难以持久，可能需要频繁地更新疫苗株才能保持其有效性。
猪传染性腹泻病毒在环境中的存活能力较强。它可以在猪场、运输车辆、饲料等物体上存活数周甚至数月，这增加了病毒传播的风险。尽管疫苗可以在猪体内激发免疫反应，但无法阻止病毒在环境中的传播，使得猪群仍然容易受到感染。
免疫水平的差异也可能导致疫苗的预防效果不一致。不同猪群的免疫水平可能存在差异，一些猪可能对疫苗产生良好的免疫应答，而另一些猪则可能对疫苗反应较弱。这种免疫差异可能导致一部分猪在接种疫苗后仍然易感染病毒。
疫苗预防的效果受到疫苗的质量和接种程序的影响。疫苗生产过程中的质量控制、保存条件以及疫苗接种程序的正确性都会对疫苗的预防效果产生影响。如果疫苗质量不高，或者接种程序出现错误，疫苗的免疫效果可能会受到影响，从而降低预防效果。