牛口蹄疫和水泡性口炎的症状有一些区别。牛口蹄疫主要表现为高热、食欲不振、乳汁减少、步态异常等全身症状。患牛口蹄疫的动物口腔内会出现水疱、溃疡和出血，蹄部也会有水泡和溃疡。相比之下，水泡性口炎的症状较轻，主要表现为牲畜口腔内出现水疱和溃疡，但一般不会伴随全身症状。
病理变化也可以帮助区分这两种疾病。牛口蹄疫的病理变化主要包括口腔黏膜水肿、水泡、溃疡和出血，蹄部也会有水泡、溃疡和脱皮。而水泡性口炎主要表现为口腔内的水疱和溃疡，但一般不会出现明显的水肿和出血。
实验室检查也是区分这两种疾病的重要手段。对于牛口蹄疫的诊断，可以通过病毒分离和PCR检测来确定病原体。而对于水泡性口炎的诊断，则可以通过检测马河病毒的抗体来进行确认。