技术问题是生猪耳标追溯系统当前面临的主要问题之一。由于生猪数量庞大，需要耳标的批量生产和管理。然而，目前生猪耳标追溯系统中使用的一些技术还不够成熟，导致耳标的质量和稳定性不够高。一些耳标容易掉落或损坏，从而影响了追溯系统的正常运行。此外，由于耳标需要在猪只身上佩戴并经常与外界环境接触，难免会受到外部因素的影响，比如水、泥浆以及猪只自行撞击等。因此，如何提高耳标的质量和耐久性，仍然是需要解决的技术问题。
管理问题也是生猪耳标追溯系统面临的挑战之一。在生猪养殖过程中，需要对每只猪只的信息进行记录和管理。然而，由于生猪数量众多，一些养殖场或农户可能缺乏有效的管理机制，导致猪只信息的记录和查询不够及时、准确。这将给监管部门和消费者提供追溯信息带来困难，降低了系统的可信度和追溯效果。因此，如何建立起完善的生猪耳标追溯系统管理机制，提高信息的及时性和准确性，是亟待解决的问题。
成本问题也是生猪耳标追溯系统当前面临的挑战之一。生猪耳标的生产和管理需要一定的成本支持，包括耳标的购买、安装、维护和更新等。然而，由于生猪养殖行业多为小规模和散养，养殖场或农户的经济实力有限，难以承担高昂的耳标成本。而且，由于生猪耳标追溯系统涉及多个环节，需要各方共同参与和支持，成本分摊和分工也是一个难题。因此，如何降低生猪耳标追溯系统的成本，更好地适应养殖场和农户的实际情况，是需要深入研究的问题。