断奶仔猪综合征的病理变化主要存在于猪的胃肠道中，其中最明显的表现是小肠粘膜上皮细胞的严重脱落和坏死。此外，猪的小肠黏膜下层、淋巴组织和肠上皮细胞也会出现病变。断奶仔猪综合征会导致猪体免疫系统的损害，使其易感染各种病原体。由于病理变化，猪会出现免疫功能下降的情况，从而增加猪的死亡率。由于断奶仔猪综合征引起的小肠黏膜上皮细胞坏死和脱落，导致猪的营养吸收能力下降。猪的肠道消化酶活性也会受到影响，从而影响猪体内营养物质的利用效率。
