雌性激素失调是导致奶牛卵巢囊肿的主要原因之一。在正常情况下，卵巢会释放卵子，并产生雌性激素。然而，当出现激素水平的不平衡时，卵巢囊肿可能会形成。这种失调可能是由于卵巢功能异常、卵泡发育不良或卵泡排卵障碍引起的。雌性激素失调可能是由于饲养管理不当、饲料不平衡或其他环境因素引起的。
营养不良也是导致奶牛卵巢囊肿的常见原因之一。奶牛需要摄入各种营养物质来保持健康和生殖能力。当奶牛饲料中缺乏必要的营养物质时，例如蛋白质、维生素、矿物质等，就会导致卵巢功能受损，从而引发卵巢囊肿的形成。因此，奶牛饲养中合理的饲养管理和提供均衡的饲料是预防卵巢囊肿的重要措施。
此外，遗传因素也可能导致奶牛卵巢囊肿的发生。一些奶牛品种可能对卵巢囊肿更加敏感，容易出现卵巢功能障碍。这表明，在奶牛选育和繁殖中，应该注意遗传背景，并选择较少遗传倾向于卵巢囊肿的品种。