应激对母猪的内分泌系统有直接的影响。应激会引起肾上腺素和皮质醇等应激激素的分泌增加，从而影响垂体-促性腺激素轴的正常功能。垂体-促性腺激素轴的紊乱会导致雌性激素分泌减少，从而降低母猪的卵巢功能和排卵率。此外，应激还可以抑制垂体促黄体生成激素的分泌，进一步影响受精卵的着床和胚胎发育。
应激会显著影响母猪的食欲，从而降低其对营养的需求。应激会引起母猪食欲不振、摄食量减少甚至拒食，导致其体重减轻和能量摄入不足。这会直接影响母猪体内脂肪的积累和储备，进而影响卵巢的功能和卵子的质量。
应激还会对母猪的繁殖行为产生负面影响。应激会引发母猪的焦虑和恐惧情绪，从而影响其对繁殖行为的积极性和主动性。母猪在应激状态下可能表现出性欲减退、交配不顺利等问题，进而影响受孕率和受精卵的质量。