口蹄疫是牦牛出省检疫中非常重要的一种疫病。口蹄疫是一种由口蹄疫病毒引起的急性传染病，可导致牦牛蹄病、口炎、乳房炎等严重病症。因此，在牦牛出省检疫时，要进行口蹄疫抗体检测和病毒核酸检测，确保牦牛不携带口蹄疫病毒。
炭疽病也是牦牛出省检疫的重点疫病。炭疽病是一种由炭疽杆菌引起的传染病，在牦牛中有较高的发病率和致死率。牦牛出省检疫时，要进行炭疽病的血清学检测和细菌分离鉴定，以确保牦牛不携带炭疽杆菌。
此外，牦牛出省检疫还需要检测布鲁氏菌病。布鲁氏菌病是一种由布鲁氏菌引起的人畜共患传染病，对人畜健康产生重大威胁。牦牛出省检疫时，要进行布鲁氏菌血清学检测，排除牦牛携带布鲁氏菌的风险。
牦牛出省检疫还需要对牦牛进行寄生虫检测。牦牛常见的寄生虫有肺吸虫、瘤胃蠕虫等。这些寄生虫会影响牦牛的生长发育和免疫功能，因此在出省检疫时，对牦牛进行寄生虫检测，确保其健康状态。