鸡传染性支气管炎病毒主要侵害的器官是鸡的呼吸系统。当被感染后，病毒首先进入鸡的上呼吸道，包括鼻腔和喉咙。在这些部位，病毒开始繁殖并引发炎症反应。这会导致鸡出现呼吸困难、喘气、咳嗽和打喷嚏等症状。同时，鸡的喉咙会出现红肿和溃疡，严重时甚至会有出血的情况发生。
随着病毒的传播和感染的进展，鸡传染性支气管炎病毒会进一步侵害下呼吸道，影响肺部。病毒感染后，会导致鸡的肺组织发生炎症和病变，从而影响鸡的呼吸功能。鸡可能会出现呼吸急促、气喘和呼吸音增大等症状。在严重的情况下，病毒可能导致肺部感染，加重症状，并引发其他并发症。
除了呼吸系统外，鸡传染性支气管炎病毒也可能侵害其他器官和组织。病毒可以通过血液循环进入全身，影响鸡的消化系统、肾脏和生殖系统等。这可能导致鸡出现消化不良、腹泻、肾功能障碍和生殖问题等。