三元杂交母猪的育种目的是为了提高生产效益。这种猪种在生长速度、肉质品质以及繁殖力等方面都表现出众，能够快速增重并产出高质量的猪肉。然而，这种高产的特性往往是以牺牲生殖能力为代价的。三元杂交母猪的生殖能力相对较弱，其产仔数和产仔存活率相对较低。因此，将三元杂交母猪作为种猪使用将会影响到后代的繁殖力，降低整个猪群的生产效益。
三元杂交母猪的遗传背景复杂。三元杂交母猪是由多个不同品种的猪进行杂交而得的，其遗传背景相对于单一品种的种猪来说更为复杂。这种复杂的遗传背景使得难以预测后代的遗传表现。如果将三元杂交母猪作为种猪使用，会导致后代的遗传变异过大，产生不稳定的猪群，从而难以保持一致的品质和性状。
此外，三元杂交母猪的经济效益也是一个考虑因素。由于其生殖能力相对较弱，将其作为种猪使用不仅会降低繁殖能力，还会增加繁殖成本。相比之下，使用传统的种猪品种繁殖出的后代往往更为经济实惠。因此，从经济角度来看，使用三元杂交母猪作为种猪并不划算。