生猪运输车辆需要向交通运输管理机关备案。根据交通运输管理规定，生猪运输车辆必须符合相关车辆技术标准和安全要求。备案时，需要提供车辆的行驶证、车辆注册登记证书等相关证件，以及车辆技术参数和安全设备的证明文件。交通运输管理机关将进行审核，并核发相应的运输车辆备案证书。
生猪运输车辆还需要向农业农村部门备案。农业农村部门负责监管农业生产和畜牧业发展，对于生猪运输车辆的备案管理也负有重要责任。备案时，需要提供车辆的所有权证明、车辆购置发票和合同等相关文件。农业农村部门将审核车辆的合法性和符合性，并核发相应的备案证书。
此外，生猪运输车辆还需要向质量监管部门备案。质量监管部门负责监督生猪运输车辆的质量和标准。备案时，需要提供车辆的质量合格证明、产品合格证和检验报告等相关文件。质量监管部门将对车辆进行质量检查和抽样检验，并核发相应的备案证书。