环境是肉鸡孵化过程中感染的一个重要原因。孵化场的温湿度控制不好，或者孵化器的消毒不充分，都会导致细菌、病毒等病原体的滋生和传播。此外，空气质量不佳、饮水系统不干净、饲料污染等环境问题也会增加肉鸡感染的风险。
饲料是肉鸡孵化过程中感染的另一个重要原因。如果饲料质量不过关，可能会含有有害物质或者细菌，进而使肉鸡受到感染。此外，饲料的保存和运输过程中，如果没有采取适当的措施，也会导致饲料的变质和感染的风险增加。
疫苗的使用也是肉鸡孵化过程中感染的一个重要原因。如果疫苗不合格或者使用不当，可能无法为肉鸡提供足够的免疫保护。此时，肉鸡容易受到外界病原体的侵袭而感染。
肉鸡苗的质量也是影响感染的重要因素。如果从供应商处获得的鸡苗患有疾病，或者鸡苗品质不佳，包括生长不良、先天免疫力低等问题，都会增加肉鸡感染的风险。