对于含氯消毒剂来说，虽然它是一种常用的消毒药物，但是在口蹄疫病毒的灭活方面并不理想。研究表明，口蹄疫病毒对氯化物、次氯酸盐等化合物具有较高的抵抗力，因此，使用含氯消毒剂进行消毒可能无法彻底杀灭病毒，从而无法有效控制口蹄疫的传播。
醛类消毒剂也不适用于口蹄疫病毒的消毒。醛类消毒剂如福尔马林、戊二醛等对口蹄疫病毒的灭活效果较差，无法达到彻底消灭病毒的目的。因此，在口蹄疫疫区，不建议使用醛类消毒剂进行猪圈消毒。
此外，一些抗菌药物也不适用于口蹄疫病毒的消毒。抗菌药物通常用于防止细菌感染，对病毒的灭活作用较弱。因此，使用抗菌药物进行消毒可能无法杀灭口蹄疫病毒，反而可能对环境产生污染。