基质选用应考虑三个方面：根系的适应性，即能满足根系生长需要；实用性，即质轻、性良、安全；经济性，即能就地取材。
1．根系的适应性
无土基质的优点之一是可以创造植物根系生长所需要的最佳环境条件，即最佳的水气比例。
气生根、肉质根需要很好的通气性，同时需要保持根系周围的湿度达80％以上，甚至100％的水气。粗壮根系要求湿度达80％以上，通气较好。纤细根系如杜鹃花根系要求根系环境湿度达80％以上，甚至100％，同时要求通气良好。在空气湿度大的地区，一些透气性良好的基质如松针、锯末非常合适，而在大气干燥的北方地区，这种基质的透气性过大，根系容易风干。北方水质碱性，要求基质具有一定的氢离子浓度调节能力，选用泥炭混合基质的效果就比较好。
2．实用性
基质容重小，是考虑到无土栽培花卉搬运方便。首选的基质包括陶粒、蛭石、珍珠岩、岩棉、锯末、尿醛和泥炭及其混合的基质。
如果在生产基地使用，像沙、砾、沪渣等来源丰富、价格低廉的基质能大大降低成本，更合算。特别是在育苗阶段使用这些基质更合适。
无论使用哪种基质，都必须满足植物根系所需的环境要求。因此，在选用基质时应当注意：
第一，如果当地只有某种基质，就应该以这种基质为基础，选择适合在这种基质上生长的花卉来种植；
第二，如果已有某种花卉，就应该根据这种花卉的生物学特性选择适合该花卉种植的基质，如手头已有君子兰，就应该选择泥炭与蛭石或珍珠岩或沙配成的复合基质。
无土栽培基质还必须对人类健康没有危害，首先必须无毒无味，最好选用天然的无机物或安全的基质。一些有机基质虽然对植物生长是良好的，但它在分解过程中所释放的物质难以预测和保证无害，特别是有小孩的家庭在选用无土栽培基质时，更应该注意这一点。
有些合成的基质虽然性能良好，但如果散发异味，也不该用作宾馆饭店的花卉无土基质。正因为如此，栽培花卉的基质与栽培蔬菜的基质相比，更要注意安全卫生要求。
3．经济性
选用无土基质一个重要的问题就是尽量少花钱，最好就地取材。这不仅是为了降低成本，也是为了突出自己的特色。例如，有些地方松针来源很方便，栽培杜鹃花时选用松针效果良好，但将这种方法引用到北方一些天气干燥的地区就不适用了，不仅是因为成本高，而且透气性太好，根系容易风干。有些地方长途贩运君子兰土，造成基质成本猛涨。其实各地都有不少通气性良好，又能保水保肥的基质，例如有的地方蔗渣很便宜，用蔗渣配一些炉渣、沙或砾，也可以成为很好的基质。
应该说岩棉是最经济最省事的基质，正因为它的成本低，在西方国家大量使用，用作花卉生产也是很好的基质之一。
但是岩棉使用之后的处理问题至今尚未很好地解决。如果不考虑善后处理当然是最方便的基质，从环境保护的角度多思考一下便会发现，岩棉在自然界中不分解，它造成的环境污染恐怕后果是严重的。从综合经济的角度考虑，花卉栽培中选用陶粒、珍珠岩等可能更经济更合算，同时稍加处理（洗涤）还可重复使用。