砧木是嫁接亩的基础。在同属植物中，种与种之间嫁接虽能亲合，但是亲合率有高有低。首先应选择与接穗亲合力强的植物作砧木，在此前提下还应因地制宜地严格挑选，例如，用桃和杏的实生苗作砧木都能嫁接梅花，但成苗后的表现却差别很大。嫁接在杏砧上的梅花寿命要比嫁接在桃砧上的长得多，但开花晚。嫁接在山桃上的梅花耐湿力强，但耐寒力弱，适合南方使用；嫁接在毛桃上的梅花抗旱力强，也比较耐寒，但不耐水湿，适合北方使用。
嫁接月季应当用蔷薇作砧木，蔷薇的种类很多，抗病能力有强有弱。其中开粉红色花的十姐妹抗白粉病的能力强，开白花的白玉堂易受白粉病危害。在白粉病发病严重的地方应当用十姐妹作月季的砧木。
砧木的种类有的还能影响嫁接后花木的髙矮。例如，嫁接碧桃时为了使植株矮化以便于盆栽，应当用寿星桃作砧木，这种砧木叫作矮化砧。