砧木是嫁接的基础。在同属植物中，种与种之间嫁接虽能亲合，但亲合率有高有低。首先应选择与接穗亲合力强的植物作砧木，还应因地制宜地严格挑选。
用桃和杏的实生苗作砧木都能嫁接梅花，但成苗后表现差别很大。嫁接在杏砧上的梅花寿命比嫁接在桃砧上的长，但开花晚。嫁接在山桃上的梅花耐湿力强但耐寒力弱，适合南方；嫁接在毛桃上的抗旱力强且较耐寒，但不耐水湿，适合北方。
嫁接月季应当用蔷薇作砧木。蔷薇种类很多，抗病能力有强弱。其中十姐妹抗白粉病能力强，白玉堂易受害。在白粉病严重地区应用十姐妹作砧木。
砧木种类会影响嫁接后花木高度。如嫁接碧桃时为使植株矮化以便盆栽，应当用寿星桃作砧木，这种砧木叫矮化砧。