黄花鹤顶兰一般适宜在春天植株萌生新芽之前进行分株繁殖，或者在花期过后，进入短暂的休眠期再进行。大多数分株繁殖会同时结合换土和换盆来进行。如果黄花鹤顶兰生长旺盛，每隔两到三年就可以进行一次分株繁育。
分株繁殖的方法如下：将黄花鹤顶兰从盆土中整棵取出，轻轻抖掉根须上多余的泥土，清理干净根须，修剪掉残根、病根和烂根。然后将植株顺着生长趋势，用小刀切开分成几小束，切时尽量少伤害根须。如果不小心伤害根系，可用草木灰涂抹伤口，再栽种到新花盆中。分开的子株每小束至少要留有三枝带有新芽的假鳞茎，当年仍会继续开花。栽种时把有新芽的部位朝向花盆外面，栽植深度以假鳞茎下方1cm左右的距离埋入土里。
分株栽种使用的新土壤最好为肥沃的腐熟土，疏松、腐殖质含量多的弱酸性土质最为适宜，可以使用一些含有较多营养成分的菜园土、腐叶土或者塘泥土等。分株后需进行适当的遮光处理，避免植株遭到阳光直射，注意环境通风透气，放在半阴地方最好，有条件可直接栽种到树荫下或阴面的花丛中。浇水要适当控制，经常往叶片上喷水保持湿润，待植株恢复元气正常生长后再常规浇水。