银杏病虫害的发生主要有两个因素：一是本身抵抗病虫害能力低，使病虫害容易入侵；二是有病虫害发生的适宜外部环境。常见病虫害主要有根腐病、茎腐病、叶枯病、银杏大蚕蛾和金龟子幼虫（蛴螬）。
1、根腐病防治方法：
①及时除去病株并及时集中烧毁；
②用70%托布津1000倍液进行喷雾。
2、茎腐病和叶枯病防治方法：
连续喷洒800倍多菌灵进行防治。
3、银杏大蚕蛾防治方法：
①生物防治：在雌蛾产卵期，释放赤眼蜂等天敌；
②灯光诱杀：利用黑光灯诱杀成虫；
③人工捕杀：采集卵块、茧或捕杀成熟幼虫；
④药剂防治：可喷洒1500—2000倍的90%敌百虫药液，或500倍敌百虫溶液。
4、金龟子幼虫（蛴螬）防治方法：
①人工捕捉：在新鲜被害植株下深挖幼虫集中处理；
②药剂防治：用25%辛硫磷乳油300倍液或40%甲基异柳磷1500—2000倍液灌根；
③毒士防治：每亩用3％的敌百虫粉1.5—2.5公斤加细土25—50公斤混合撒于土表。