金鱼草的病害主要包括茎腐病、苗腐病、草锈病、叶枯病和灰霉病。茎腐病主要危害茎和根部，发病初期根茎部出现淡褐色病斑，严重时植株枯死；苗腐病主要为害幼苗，发病初期幼苗近土表的基部或根部呈水渍状，最后腐烂，以致全株倒伏或调萎枯死；草锈病主要危害叶片、嫩茎和花萼；叶枯病主要发生于叶部和茎部；灰霉病是温室内栽培金鱼草的重要病害，植株的茎、叶和花皆可受害，以花为主。
虫害防治方面，金鱼草常见虫害有蚜虫、红蜘蛛、白粉虱和蓟马等。可以使用3%天然除虫菊酯或25%鱼藤稀释800～1000倍液对蚜虫进行有效防治；40%三氯杀螨醇兑水1000倍是专用杀螨剂；黄色塑料板涂重油可诱杀白粉虱成虫；喷施50%杀螟硫磷等内吸剂与土壤内施用15%涕灭克或3%呋喃丹，对防治蓟马有较好效果。
病害的防治方法包括轮作、土壤消毒及药剂防治。发病初期可向发病部位喷施40%乙膦铝可湿性粉剂200～400倍液，或用50%敌菌丹可湿性粉剂1000倍液浇灌植株根茎部；对于苗腐病，发病初期可喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液或75%百菌清可湿性粉剂800倍液；草锈病发病初期，可喷洒15%粉锈宁可湿性粉剂2000倍液或65%代森锌可湿性粉剂500倍液；叶枯病发病初期，可喷洒等量式波尔多液，或65%代森锌可湿性粉剂600倍液，或50%莱本特可湿性粉剂2000～2500倍液；灰霉病发病初期，选用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾防治，每隔10～15天喷1次，连喷2～3次。