修剪对牡丹催花苗至关重要，可以说是成功的关键，直接关系到棵形的好坏、成花枝数的多少和花朵是否硕大纯正。
平茬牡丹的枝条生长有顶端优势，为保证催花苗的枝条数，必须平茬，促进枝条的萌发。年秋季牡丹定植后，应立即平茬，一般修剪高度与地面水平。第二年、第三年秋季(10月中旬)继续平茬，对萌发力强的品种可按地平修剪，萌发力弱的可在高于地平2-3厘米处平茬，以保证有更多的芽点萌发。连续平茬主要是促进地下部的快速生长，贮存养分，形成整齐而多的枝条，以便第四年进行催花。
正常修剪因为前三年秋季都要平茬，所以催花苗的正常修剪主要在第四年早春和初夏进行。修剪的内容有：①定股和疏枝。定股和疏枝是为了决定主要枝条数目和保证催花苗的形状。一般牡丹种植4年后，对生长势强、成枝率高的品种可保留8-10个枝条；对生长势弱、成枝率低的品种可保留5-7个枝条，剪去徒长枝、弱枝、重叠枝及病虫害枝。②抹芽和除萌。抹芽主要是抹去每个枝条上除花芽以外的不定芽和腋芽，每个枝条留1个(多2个)花芽，其他全部抹去。当二座花芽比顶芽还饱满时，要抹去顶芽以保二座花芽;除萌主要是剔除牡丹根际处萌发的大量土芽、脚芽，以保证成花枝的营养供给。③牡丹下叶。牡丹催花苗下叶应比正常牡丹早些，10月上旬左右就应修剪下叶，以免消耗更多的养分，影响催花。