百日草是虫媒花，优良的花色品种往往因昆虫自然授粉而发生杂交变异，其中变好的少、而变劣的却多，重瓣品种往往向单瓣品种劣化；花色也变为暗淡而无丝绒光泽。为保持百日草的优良品质，必须选优和防杂保纯。每年从花坛中选择朵大瓣多、色泽鲜艳而花心最小的单株作为留神株，并将全株套以透明的塑料薄膜袋，进行单株自花授粉。单株的种子单独播种育苗，与其他百日草花坛相距200米以外，并在始花时拔除劣变的单可植株。这样连续进行提纯，便可获得优良的重瓣花原种。若要花色－致的重瓣花原种，更须在提纯去杂时，将异色的重瓣花植株通通拔除，以防花色上的杂交变异。另外，因百日草是种始花早的中日照花卉，营养生长期的长短不受日照长短的限制，春季播种夏季开花，夏季播种秋季开花。如春季繁殖红色重瓣花品种，秋季则繁殖黄色重瓣花品种，并在后者始花时摘除前者的尾花，这样便可防止花色上的杂交变异。
百日草为天然异花授粉植物，故后代变异较大。为选育出具有优良性状的品种，常规的育种多采用连续多代单株选择法，以达到优选目的。
具体如下:
1、培育壮苗以增加品种抗性。保证适当的株行距，促进植株营养体的健壮生长。
2、分别在幼苗期、生长期、花期等整个生长发育过程进行连续多代的优选エ作，做到及时去杂、去异、去病弱植株；栽种时对留种母株隔离种植，种间隔离距离不小于600米，并拔除杂异品种；根据其生长习性，创造良好的栽培环境，忌连作。如栽培条件恶劣，土壤瘠薄，过于干旱，易出现花色不良、花径较小、重瓣变成单瓣品种等现象。对选择留种的母株，要加强水肥管理，便其优良性状充分表现出来；通过人エ授粉，提高重瓣花的结实率。
3、种子采收：百日草各小花花期不同，－般在30天左右，各瘦果成熟期亦参差不齐。对具有母体特征的头花、侧花分别采收，去杂留种。而后将处理好的种子置于密闭、低温的条件下，以保证种子的发芽率。