金合欢苗期的主要病害为猝倒病，因此，我们在育苗的整个生产流程中应始终注重对这一病害的防治，常用的消毒处理方法见下表。实践证明，正确使用好化学防治，能有效地控制猝倒病的发生与
蔓延圃地苗发病株率控制在加20％内，营养袋发病株率控制在10％，穴盘苗由一培养基质使用泥炭土与珍珠岩，发病株率在5％以下。
金合欢苗期的主要害虫是小地老虎和蟋蟀，这两种害虫主要在夜间活动，将小苗在根茎处咬断，造成缺苗，防治方法可以用物理诱杀法，将炒香的麦麸拌上50％辛硫磷乳油，撒施在苗床的行间或步行道上即可。
金合欢种子在播种前的浸泡消毒也是预防各种病虫的重要一环。