金合欢苗期的主要病害为猝倒病，在育苗的整个生产流程中应始终注重防治。正确使用化学防治能有效控制猝倒病的发生与蔓延，圃地苗发病株率控制在20％内，营养袋发病株率控制在10％，穴盘苗发病株率在5％以下。
金合欢苗期的主要害虫是小地老虎和蟋蟀，这两种害虫主要在夜间活动，将小苗在根茎处咬断造成缺苗。防治方法可以用物理诱杀法，将炒香的麦麸拌上50％辛硫磷乳油，撒施在苗床的行间或步行道上即可。
金合欢种子在播种前的浸泡消毒也是预防各种病虫的重要一环。
