唐菖蒲常见的病害有球茎腐烂病、叶枯病等；
1、球茎腐烂病：该病是贮藏期经常发生的一种病害。染此病后，球茎表面会出现黄褐色稍有凹陷的病斑，四周出现黑色溃疡状，遇空气湿度大时，病斑迅速扩大，表面出现青绿色的霉层，导致球茎萎缩干硬。
预防措施是：挖球茎时要细心，避免球茎创伤。收获球茎后，最好先用冷水浸泡，再用酒精消毒后阴干贮藏，且使贮藏室通风、干燥，保持4-5度低温。
2、叶枯病：该病多从唐菖蒲下部叶片尖端开始发病，初为褪绿色黄斑，后期病斑干枯出现黑褐色霉层，7-9月发病较严重。
预防措施是：栽种前剥掉球茎干枯鳞片。并用0.5%的高锰酸浸泡球茎15分钟，进行消毒处理。或在植株病发初期，用喷克菌800-1000倍液或1%等量式波尔多液或50%代森锌1000倍液，8-10天喷洒一次。