养殖花椒树时，修枝剪叶的工作很重要。修剪时间推荐选择夏季或冬季，修剪工具要使用刀口锋利的干净修枝刀。冬夏两季的修剪侧重不同，使用方法也不同。
夏季修剪侧重于植株的生长，因此采用抹芽、除萌、摘心、扭梢、拿枝、刻枝、环剥等方法。其余季节修剪则更多以美观和减少养分消耗为主。此时的温度及降水量等都适合花椒树切口的愈合，还能促进花椒树芽点的分化。
修剪花椒树时，尽量选择好使力、刀口锋利的修枝刀。刀片必须清洗消毒才可使用，否则容易导致切口出现病菌虫害。避免使用普通剪刀，以防力量不足造成二次伤害。
修剪之后需要保证切口快速愈合。剪枝前浇水施肥一次，剪枝后等伤口愈合再重新灌溉。期间要注意观察是否有病菌虫害侵袭，可备好杀菌药剂。切口未愈合前，要避免强光直射以免枝叶腐烂。