温室南方红豆杉扦插苗在整个生长期内的病虫害共有7种，即立枯病、茎腐病、白绢病、疫霉病、叶螨、蚜虫、介壳虫等。其中，以茎腐病、白绢病、蚜虫的危害最重。
扦插苗茎腐病防治
扦插两个月后，苗茎基部发生茎腐，开始是个别株致病，随后扩展成整簇致病。主要发生在夏秋季高温季节。病害发生和流行主要取决于7月~8月的气温，如果发病较早，苗木抗热能力弱，故发病将重。因此，在夏秋之间降低苗床土壤表层的温度，防止灼伤苗木茎基部，以免造成伤口导致病菌侵入；增施肥料，促进扦插苗生长，增强抗病能力。
扦插苗白绢病防治
该病病害一般在6月上旬开始发生，7月~8月温度上升至30℃左右时为病害始盛期，温度高达35℃时，为病害的高峰期，9月末病害基本停止。危害时，产生白色菌丝，并伴有棕色小点。防治措施：加强管理，筑高床，疏沟排水；及时松土，除草；增施氨肥和有机肥料，以促使苗木生长健壮，增强抗病能力；扦插苗发病后，应及时清理病株、落叶和感染基质。采用五氯硝基苯、病无踪拌黄心土进行洒施苗床可有效地防治扦插苗白绢病，防治效果达95%%以上。
蚜虫防治
蚜虫是温室南方红豆杉扦插苗的主要害虫之一，由于温室内的常年温度保持在18℃以上，在冬季，蚜虫不存在越冬问题，在夏季，如果外界温度不特别高（≯38℃），温室内的扦插苗又有一定的叶面积，蚜虫仍能继续繁殖、危害，因此，蚜虫在温室中发生的特点是以孤雌生殖的方式，在温室中周年发生繁殖，并且世代重叠。采用蚜虱马乳剂施洒苗床可有效地防治扦插苗的蚜虫，防治效果达95%%以上。
综合防治技术
温室消毒。在扦插前，对温室进行消毒十分有效。
消毒方法：
（1）温室框架消毒，应用磷酸三钠、硫磺、福尔马林等杀虫、杀菌消毒剂喷雾或熏蒸温室内的钢筋支架、走道及四周塑料膜；
（2）土壤、基质消毒，应用福尔马林、溴甲烷、夏季自然高温消毒土壤、基质；
（3）滴灌系统消毒，应用硝酸、福尔马林溶液对滴头、滴管、砂滤器、母液罐冲洗、浸泡消毒；
（4）蓄水池消毒，清除池底杂物、污泥、清水冲洗水池，然后用福尔马林或其他消毒剂消毒蓄水池。
生态防治
通过对温室内温度、湿度的调控，使温室的气温保持在夜间15℃~18℃，白天25℃左右，昼夜温差不超过10℃，这样可以将温室的相对湿度控制在90%%以下，南方红豆杉扦插苗叶面则不会产生水膜，病原菌就无法侵入叶组织导致发病。采用加热技术是控制温室内温度、湿度的有效措施之一。
栽培管理
适时整枝、打老叶，防止因枝叶过密，造成有利于病害传播、发生的小气候环境；及时清除病虫残枝、残叶，保持温室内的清洁，尽可能地减少引发病虫害的病菌源、虫源；严格制定、执行生产操作规程，杜绝操作人员、参观人员以及生产用具成为病虫害的传播者。
生物防治
它是应用微生物制剂和捕食性或寄生性的有益昆虫（即天敌）控制南方红豆杉扦插苗病虫害的技术：应用杀虫素等生物杀虫剂防治蚜虫、叶螨等害虫；使用食蚜瘿蚊、桃蚜茧蜂、智利小植绥螨等天敌控制南方红豆杉扦插苗等害虫。
药剂防治
在上述四种防治技术的基础上，如果茎腐病、白绢病、蚜虫仍有发生危害，可选择化学农药或生物农药防治1~2次。