一、叶子区别
爪哇木棉小叶有5到9枚，长圆披针形，叶子短渐尖，基部逐渐变尖，长5到16厘米，宽1.5到4.5厘米，叶子全缘或近顶端有稀疏的细锯齿，叶子两面无毛，背面戴白霜，叶柄长7到14厘米。
美丽异木棉叶子互生，掌状复叶，小叶3到7片，大多为5片，呈倒卵状长椭圆形或卵圆形，中间的小叶较大，长大约7到14厘米，上半部边缘有锯齿，叶子的先端突尖或渐尖，基部呈楔形。
二、花朵区别
爪哇木棉花朵多数簇生在上部的叶腋间，花梗长2.5到5厘米，有时单生，花瓣呈倒卵状长圆形，长2.5到4厘米。
美丽异木棉的花朵偏大，有1到3朵腋生或者是数朵聚生在枝端，略微有芳香，花萼呈杯状，绿色，花瓣有5枚，呈粉红色或红色，基部黄色或白色带紫斑，也有全白色而内带黄色，边缘波状而略微反卷。