石斛兰患上疫病时，首先需要给其改善生长环境，并需要处理发病的部分，喷洒甲霜灵等药剂防治。如果植株患上黄斑病，枝叶上将会呈现黄色的病斑，这时需要立刻将发病的部分处理，还要给其遮阴防晒养护，喷洒百菌清、追施钾复合肥。
在遭遇蚜虫危害时，植株会生长不良，降低观赏价值。若数量较少，可人工处理植株；数量过多时需喷洒杀螟松乳剂等药剂防治。若受到菲盾蚊侵害，它会吸收植株的营养成分，导致叶片逐渐干枯发黄，甚至诱发煤污病。此时需保持环境通风，将植株移至阳光充足的环境下养护，并喷洒灭虫灵等药剂。
