黑芥穗和荆芥穗都是来自同一种植物荆芥，但黑芥穗是取荆芥的茎枝切段，用大火炒成炭色，然后喷水取出晾干制成的，也叫芥穗炭。而荆芥穗是直接采摘荆芥花穗晒干后的成品，不用炒制不用其他加工。
他们的功效也不相同，黑芥穗的主要功效是止血，对于吐血、便血、痔血等均有效果，并且黑芥穗性凉，可以清热止痛。同时实验表明，它还有抗菌的功效。而荆芥穗因为没有经过炒制，所以保留着较强的解表散风作用，同时还有排毒的作用，这两重功效决定了它在治疗各种恶疮时的重要地位。其次，它还有清头明目的作用。
作为二者根源的荆芥就没有那么强的处方性了，荆芥的幼苗可以作为野菜食用，但在食用时也是有注意事项的。鲜荆芥的吃法有荆芥咸粥和凉拌荆芥。准备适量的荆芥，米，将二者分别洗干净，淘干净。先将米放入锅中煮，煮一会儿加入荆芥，并加入适量盐，自己把握一下时间，差不多就可以出锅了。新鲜荆芥的口感脆脆的，非常适合凉拌。切小段，黄瓜切小块，然后加入适量盐、糖、辣椒、麻油，混合均匀。