芍药和牡丹花的形态方面
叶片
牡丹花的叶片较宽，芍药花的叶片较窄；牡丹花叶色呈现正面绿色反面淡黄色，而芍药花叶色为黑绿色；牡丹花叶片下表面有白粉，芍药花叶片茂密，颜色亮，有蜡质光泽。牡丹花的叶片多为二回三出羽状复叶。
花朵
牡丹花的花朵生于枝条顶端，多为单生，花径较长，有二十厘米，而芍药花多为数朵丛生，花径多为十五厘米左右；牡丹花花型众多，有单瓣型、荷花型、菊花型、蔷薇型、皇冠型、绣球型等等，而芍药花则没有众多花型；牡丹花花色比芍药花丰富，多年的人工栽培使得牡丹花的品种变得更加丰富。
芍药和牡丹花的生理方面
花期
牡丹花的花期比芍药花的花期要早些，牡丹花一般是在四月份的中下旬的时候开花，而芍药花却是在五月份的上中旬的时候开花。它们的花期相差大约半个月左右。基本上可以说，春牡丹夏芍药。
根本区别
牡丹是落叶灌木，属于木本植物，最高能长到两米多高，而芍药属于宿根草本植物，最高不过一米。
最明显区别
等到冬天的时候，牡丹花会有老的枝干留在地面，而到了冬天芍药花的地上部分将会全部凋谢。