土壤中微生物多呈群落分布，而且都会产生根际效应，这里包括正常腐生菌和病原菌。腐生菌一般不会引起植物疾病，属于土壤的正常菌群，为条件致病菌。腐生菌在生长上具有绝对优势，多数会分泌溶菌酶，抗生素，生长激素及类似物。病原菌一般生长不是很迅速，尤其是在和腐生菌共同生长时，大多会受到正常菌群的抑制。
通常土壤首次灭菌后，正常菌群会首先恢复生长，并且在很长的一段时间内都会占有优势。首次灭菌后一年，病原菌基本无生长，首次灭菌后二年，病原菌数量在总菌群中也不占优势，但是稍有恢复，这种效果大概能持续4-5年。由此可以看出，新栽植物土壤首次灭菌尤为重要，除了可以保证病原菌被基本杀灭，防止植物因为生理或者病理腐烂，同时也会加速土壤有机质分解，加强土壤肥分和通气效果。
日光消毒法是将调配好的土壤摊平，放到阳光下暴晒，大约晒五到七天左右为宜，时间最好在夏季。期间最好是将土壤聚集起来然后重新摊平，原则就是尽量让土壤都充分受到紫外线的照射。
蒸汽消毒是把营养土放入蒸笼或高压锅内蒸，加热到60～100摄氏度，持续30～60分钟，可杀灭大部分细菌、真菌、线虫和昆虫，并使大部分杂草种子丧失活力。
水煮消毒是把培养土倒入锅内，加水煮开30～60分钟，然后滤干水分，晾干到适中湿度即可。
火烧消毒是保护地苗床或扦插、播种用的少量土壤，可放入铁锅或铁板上加火烧灼，待土粒变干后再烧0.5～1小时，可将土中的病虫彻底消灭干净。
药剂消毒包括使用高锰酸钾500倍液以上溶剂消毒和把土壤过筛后，一层土壤喷洒化学药剂，再加一层土壤，然后再喷洒一次药剂，最后用塑料薄膜覆盖，密封5～7天，然后敞开换气3～5天即可使用。