凤眼蓝导致生态破坏
凤眼蓝的危害之一就是会导致生态的破坏，因为它的繁殖能力很强，如果生存的环境适合凤眼蓝的生长，它将会大量繁殖并成为优势物种，影响其他生物的生长。长久下去，该地区的生态多样性会被破坏，导致物种单一。生态平衡非常重要，各物种相互影响、相互制约才能保持平衡。而凤眼蓝的疯狂生长会打破这种平衡，剥夺其他生物的生存空间，甚至使某些物种濒临灭绝。
凤眼蓝影响其他生物的生长
当凤眼蓝生长旺盛时，会布满整个水域，覆盖水面并染成绿色。这会阻碍水中与大气的气体交换，影响光线传递，同时增加水中CO₂浓度，危害水生生物的生存。
凤眼蓝堵塞河道
凤眼蓝大量繁殖时，植株会迅速覆盖整个河道，严重时甚至密集到让人能在上面行走，严重影响航运。此外，过度繁殖的凤眼蓝还会堵塞自来水厂的取水设备，影响自来水的生产。
凤眼蓝危害的治理
一旦发生危害，使用除草剂等化学方法治理效果有限，且容易造成污染和费用高昂。通常采用无污染的方式，例如引入凤眼蓝的天敌（如儒艮等），能取得较好的防治效果。
