盆栽百合花多采用球根种植，因为百合和郁金香、水仙、风信子一样，都属于球根植物，可以反复多次栽种，同样可以达到多次开花的目的，从而节约了一定的盆栽成本。
百合比较喜欢肥沃疏松、通透性强但又具有较好保水效果的砂质壤土，自制盆土可取2份泥炭土、2份河沙、1份珍珠岩混合搭配拌匀使用。切忌使用粘重土壤，因为这种土壤易板结，通透性不好。
百合作为一种球根花卉植物，由于它通常具有两层根系，所以宜选择较深的花盆，而且作为球根种植，同时宜选择口径在20公分左右的花盆。每个花盆中可以栽种2-3个球根，多了就显得过于紧凑，因为开花绽放之时因盆内植株过于拥挤而影响美观。
在栽种球根之前，我们需要对其进行消毒杀菌处理，将球根浸泡在百菌清或多菌灵稀释液中约半小时，之后拿出来晾干。然后在花盆里装入准备好的盆土，将消毒晾干的种球放入盆土中并覆盖好土壤。需要注意的是，种球顶端至土层表面的高度应为种球高度的2倍。
在完成栽植种球后，平时需要保持盆土具有适宜的湿度，切不可多浇水，否则容易引起球根发生腐烂现象。但每次补水都应该浇透水，不可多次只浇半透水。同时保持每月浇2次多菌灵稀释液，空气湿度不能低于60%，适宜球根发芽的温度要尽可能稳定。