瓜子黄杨种子是能够发芽的，因为通过播种瓜子黄杨种子的方式来进行繁殖是其增加种植面积的主要方式之一。
瓜子黄杨的种子能否发芽，与种子质量有直接关系。种子质量高的发芽率较高，种子质量较差的发芽率偏低，严重时甚至可能不发芽。种子的质量是影响发芽率的基础条件之一，此外，催芽手段以及播种环境等因素也会对发芽率产生影响。
要想提高瓜子黄杨种子的发芽率，首先要选择高质量的种子，其次要做好催芽工作，可以通过水浸或沙藏的方式进行催芽。有条件的情况下，可在专业人士指导下使用适当的药剂辅助催芽，以进一步提升发芽率。但切忌盲目操作，以免损伤种子，反而降低发芽成功率。