正确选用农药的品种、剂型、浓度、用量及施用方法对于苗木种植非常重要。因农药不仅作用于害虫或病原体，也直接作用于被保护的植物。不同的植物对各种农药的耐受力各不相同，使用不当会产生药害，造成损失。
不同的农药品种、剂型、浓度、用量及施用方法各有特定的防治对象，甚至对同一种害虫或病原菌的不同发育阶段，其防治效果也极不相同。因此，必须根据农药、植物及其防治对象三者之间的关系正确选择，使之既能有效防治病虫害又不产生药害。
农药的安全系数可表示三者关系的适合程度。安全系数大于1时该农药才具有应用价值。各种商品农药都附有产品说明书，标明其物理化学特性、常用浓度和使用方法，以及适用的防治对象和植物种类。若需用于说明书中未列出的病虫害或植物，应谨慎对待。最好先少量试用，确认无药害且防治效果良好后才能正式使用。
在确保有效防治的前提下，应优先选用选择性高、无污染、价格低廉且使用方便的农药。在同一地区内，对同一种病虫害的防治，要避免长期单一使用某一种农药，以减少病虫害产生抗药性的风险或延缓抗药性产生。