花卉种子采收回来后，首先要做好种子的清洁精选工作，有的种子在干燥过程中怕光，所以要采取自然阴干的办法，而不要放在阳光底下曝晒，不然的话会影响种子的发芽率。将干燥后的种子包起来时，最好给它加一个标签，注明采集时间、花卉种类和一些注意事项。包装好的种子要放在干燥、低温（2-5℃）的条件下保存。为了防止受潮可以在放种子的瓷坛或金属罐里放些生石灰、木炭等作为干燥剂，然后再放上种子包装袋，封好容器，放置于低温干燥的地方。因为，花卉种子的贮藏方法直接影响着种子的发芽率。在温暖、潮湿的环境条件下，种子的生命活动强烈，其营养物质迅速被消耗，致使种子的寿命变短，而放在低温、干燥环境中的种子生命活动缓慢，种子寿命可相对延长。
种子的保存也是有期限的，比如保存期1年的花卉种子有丛生福禄考；保存期在2-3年内的花卉种子有有醉蝶花、花菱草、三色堇、万寿菊、美女樱、翠菊、大滨菊、麦秆菊、金鱼草、矢车菊等；而保存期长达4-5年的花卉有百日草、紫罗兰、矮牵牛、鸡冠花、金盏菊等等。
做好花卉种子的贮藏工作，对种子的质量至关重要。